Ανάλογα με την επιθετικότητα του μολυσματικού οργανισμού, η καρδιακή βλάβη που προκαλείται από την ενδοκαρδίτιδα μπορεί να είναι γρήγορη και σοβαρή ή βραδύτερη και λιγότερο δραματική.